二手多級質譜聯(lián)用是通過對一級或上級質譜產(chǎn)生離子的進一步裂解產(chǎn)生次級質譜，并對次級質譜進行質量分析的技術。依據(jù)實現(xiàn)方式，多級質譜可分為兩類：一類是時間串聯(lián)質譜，它是利用某些質量分析器能夠儲存離子的特性，在同一個質量分析器上，通過時間序貫實現(xiàn)多級質譜分析；另一類是空間串聯(lián)質譜，它是利用多個質量分析器在空間上串聯(lián)從而實現(xiàn)多級質譜的功能。

二手多級質譜聯(lián)用之時間串聯(lián)質譜法
時間串聯(lián)質譜主要是由離子阱或FT一ICR完成操作。從“硬件”方面來看，只需要一個質量分析器，因而儀器費用較空間串聯(lián)質譜要低，這是時問串聯(lián)質譜的最大優(yōu)點。

也正因為這個原因，時間串聯(lián)質譜可達到多級(MSn)，這是空間串聯(lián)質譜所不能及的。

在離子阱中完成串聯(lián)質譜的實驗步驟組成：
①按前述的離子阱穩(wěn)定性圖，選擇適當?shù)膗、P值，可選出某一質荷比的離子貯存在離子阱中，質荷比更大或更小的其它離子均逐出離子阱。
②進行碰撞誘導斷裂CID。由于離子阱在運行時是充氦氣的，加大初始離子(pre．cursor ion)的動能即可實現(xiàn)CID。例如，在端蓋極上加一個輔助的正弦波形的“擾動(tickle)”電位，其頻率調諧至離子運動的基頻，因此離子從這個輔助的“擾動"電場中吸收能量，這是一個共振激發(fā)的過程。仔細控制擾動電位的振幅，使離子不致于從離子阱中逐出，但離子已從離子阱的中心拉出來，增加了動能，和氦氣分子碰撞，發(fā)生CID。
③進行質量掃描，得到產(chǎn)物離子的質譜，這由掃描V而完成。
以上一個循環(huán)由計算機控制完成。必要時，可進行下一級乃至多級(Msn)實驗。
由于離子在離子阱中不斷作回旋性的運動，因而有較高的碰撞效率。時間串聯(lián)質譜只能完成產(chǎn)物離子掃描，不能進行初始離子掃描和中性碎片丟失掃描，但產(chǎn)物離子掃描是最重要的一種掃描。

二手多級質譜法

離子阱質譜法(ITMS)和傅里葉變換離子回旋共振質譜法(FTICRMS,即FTMS)的發(fā)展，使MSn(n>2)成為可能，這兩種方法均有離子貯存及選擇性排斥功能。MSn實驗是通過軟件實現(xiàn)的，樣品離子化后，用脈沖程序將選定的m／z離子以外的其他離子排斥出去，用脈沖閥導入碰撞氣體，將選定的離子加速至足夠的動能，經(jīng)CID得到產(chǎn)物離子。上述程序可重復進行，直至實現(xiàn)MSn。

二手多級質譜法的源內CID(in—source CID)是利用API—MS的離子傳輸區(qū)的電場，在約133Pa的壓力下，碰撞誘導離子裂解，產(chǎn)生CID譜。

優(yōu)點：碰撞活化效率高，因而靈敏度高；簡便，不必知道Ma+的m／z；可選擇的能量范圍較寬，以適應于不同穩(wěn)定性的化合物；儀器簡單、價廉。所以，在藥物分析中可以解決多數(shù)定性、定量問題。

缺點：如有雜質及共流出峰存在將產(chǎn)生復雜的結果；由于需進行色譜分離，因而增加了分析時間。

無論是哪種方式的串聯(lián)，都必須有碰撞活化室，從第一級MS分離出來的特定離子，經(jīng)過碰撞活化后，再經(jīng)過第二級MS進行質量分析，以便取得更多的信息。